För den framväxande baptismen under 1500-talet, i västra och centrala Europa, var tanken på frihet en av de bärande principerna. Det var ingen tillfällighet att det skedde just då. På olika sätt hade tanken på individens frihet vuxit sig starkare och starkare i intellektuella kretsar. Man började så sakta ifrågasätta auktoriteter, både politiska och religiösa, och betonade människans rätt till fria tankar och handlingar. Det här skulle senare kulminera i 1700-talets upplysningstid.

Det var under 1500-talets början som Martin Luther och de övriga reformatorerna initierade vad som skulle utvecklas till ett uppror mot den katolska kyrkan. Ur den turbulens som uppstod föddes tre nya kyrkoförgreningar, den lutherska som blev dominerande i Tyskland och Norden, den reformerta och den baptistiska. De två senare har i sin tur förgrenat sig till flera kyrkor och samfund.

Den baptistiska rörelsen föddes i Schweiz, där den första församlingen av troende och döpta kristna bildades i Zollikon utanför Zürich 1525. Teologen Balthasar Hubmaier döpte många innan han brändes på bål.

Religionsfriheten var en av baptismens viktigaste kännetecken, människans religiösa frihet är en grundläggande mänsklig rättighet, ansåg man. Ett annat baptistiskt kännetecken var rätten att lyda Gud framför staten och att själv bestämma om man ville döpas, och tillhöra en församling, eller inte. Man vägrade att döpa barn och praktiserade troendedop genom nedsänkning av hela kroppen i vatten, i enlighet med personens egen vilja och övertygelse. För den handlingens skull blev baptisterna förföljda, eftersom man medvetet bröt mot kyrkans och statens förordningar.

Som en förföljd minoritet var det många baptister som flydde Europa. Man utvandrade till Amerika där det inte fanns någon statsreligion och där man inte förföljdes i samma utsträckning för sin religions skull. I Amerika växte sig baptismen stark och är idag den största protestantiska rörelsen i USA. Baptisternas krav på en fri kyrka i en fri stat, och alla människors religionsfrihet, hade ett stort inflytande på utformandet av den amerikanska konstitutionen i slutet av 1700-talet.